政府投资效益从全国开展的情况的来看，各地发展的水平不平衡。以我省为例，政府投资审计长期处于对工程价款的预决算阶段，甚至有的地方投资审计一两年都遇不上一个真正意义上的政府投资审计项目；由于长期参与财政预算执行审计和经济责任审计，加上机关人少事多，很难去搞政府投资审计工作，更不用谈投资效益审计了。一些欠发达地区，财务管理工作相对还比较落后，还长期处于真实、合法的审计阶段，经济发展好的地区开展效益审计的力量也比较薄弱，开展投资效益审计的起步比较晚，总结的经验还不太成熟。结合审计工作的实际，从以下几个方面总结投资效益审计质量控制过程中存在审计风险:

    一、从审计时间上看，多是事后审计，未能真正渗入建设项目的全过程，客观上给效益审计评价带来了风险。对投资的审计主要是概(预)算执行情况审计和竣工决算审计两种方式，大多都是事后的审计监督方式。即便找到了管理漏洞，但问题已无法纠正；查出了损失浪费，资金也无法挽回；审计机关的工程建设项目审计监督面临着时间滞后、诉讼增多、风险加大等新的挑战，缺乏必要的事前预防和事中监控。近年来，虽然也安排了部分在建项目审计，但由于受传统投资审计思维定式和审计力量有限的约束，“在建”审计也成了“最终”审计，全过程、全方位的监督并未真正有效形成，必然加大效益审计评价的风险。

    二、从审计手段看，仍以传统的手工审计为主，审计技术手段的落后制约审计质量，给投资效益审计带来很大风险。传统的看图纸、拉皮尺、手工计算工程量的方法已经不能适应新形势下投资审计工作的需要，加上投资审计人员的老化，掌握计算机辅助审计的水平还比较慢，被审计单位的计算机应用环境也比较差，与计算机辅助审计与计算机应用环境较好的财政、金融审计相比，大大落后。由于审计手段和技术条件的制约，面对当前计算机、工程测量仪器在建筑工程领域的广泛运用的趋势，使得投资效益审计的效率大打“折扣”，也给投资效益审计带来了潜在的风险。

    三、从审计人员来看，人员结构的不合理，依赖社会审计的力量注定给效益审计带来隐患。在开展投资审计工作中，存在着专业技术水平的缺陷，往往还摆脱不了财政财务收支审计的视角。搞效益审计需要社会工程审计专业人员、项目管理人员、技术经济专家等外界力量来具体实施效益审计工作，政府投资审计人员对外部力量的控制很难到位，对外部审计力量出具的结果没有力量复核或复核不到位，以政府审计机关的名义对外出具审计结果或审计报告，可想而知，审计的风险是存在的。

   四、从审计对象来看，主要局限于单一建设项目，就项目审项目，给宏观决策和宏观经济管理带来风险。投资审计往往围绕项目建设管理和资金使用等问题展开，就事论事，很少能涉及到宏观的、更广的层面。所提出的意见和建议，也就不能引起决策层的高度重视，一定程度上，也制约了投资效益审计的开展。由于效益审计评价的片面性，不仅降低审计机关出具的审计报告的质量，也给上层领导宏观决策和宏观经济管理带来风险，必然会损伤审计机关的地位和形象。

    五、从审计内容看，仍以查错防弊为主，真实性和合法性审计仍是重点，使得审计风险在一定程度上依然存在。由于投资领域的市场运作、建设管理尚不规范，地区经济发展水平不平衡，法制观念不健全，发现和揭露建设过程中的违纪违规问题仍然是投资审计的主要内容。审计人员在建设项目管理、资金管理、概算执行、工程造价控制等方面积累了一定的审计经验，查项目、找问题，可谓驾轻就熟；至于投资是否合理、投资效益如何，则一般不予评价。但是在审计操作过程中，使得的投资效益审计“名存实亡”。